農業・食品加工業が使える補助金まとめ【2026年最新版】
設備導入・6次産業化・輸出支援

農業・食品加工業向け補助金の全体像

農業・食品加工業が活用できる補助金・融資は、主に農林水産省・経済産業省・厚生労働省の3省と日本政策金融公庫（農林水産事業）が所管しています。農業分野では設備の大型化・スマート化・省力化を支援する制度が整備され、食品加工業ではものづくり補助金・小規模事業者持続化補助金など中小企業向けの一般制度も広く使えます。

農業経営者は「農業者」としての補助制度と「中小企業者」としての補助制度の両方にアクセスできる場合があります。法人化している農業経営体・農業生産法人・農業協同組合などは中小企業向け制度の対象になるケースが多く、一般の中小企業向け補助金を積極的に活用することがポイントです。

※補助額・補助率は公募回・申請区分によって異なります。必ず最新の公募要領をご確認ください。

スマート農業技術活用促進法・関連支援

「農業の生産性の向上のためのスマート農業技術の活用の促進に関する法律（スマート農業技術活用促進法）」が令和6年10月1日に施行されました。この法律では、農業者等が行う生産方式革新実施計画と、開発供給事業者が行う開発供給実施計画の2つの計画認定制度が設けられ、認定を受けた農業者・サービス事業者は税制・金融等の支援措置を受けられます。慢性的な農業従事者の高齢化・後継者不足を背景に、ドローン・農業ロボット・IoTセンサー・AIを活用した精密農業技術の現場導入を後押しする枠組みです。

スマート農業技術活用促進集中支援プログラム（令和8年度当初概算決定）

令和8年度当初予算185億円（前年度182億円）＋令和7年度補正529億円の規模で実施されている支援事業です。スマート農業技術の活用割合を50%以上に向上（令和12年度まで）させることを事業目標としています。個々の農業者への機械購入補助というよりも、産地・農業支援サービス事業者向けの支援が中心である点に注意してください。

お問い合わせ先：農林水産省 農産局技術普及課

スマート農業で活用が進む主な技術分野

• 自動操舵システム搭載トラクター・コンバイン（GPS誘導・直進アシスト）
• 農業用ドローン（農薬散布・センシング）
• 収穫ロボット
• 圃場監視・IoTセンサー（水田管理の省力化）
• AI生育診断・病害虫早期発見システム
• 施設園芸向け環境制御システム

個々の農業者が農業機械を導入する場合は、次に紹介する日本政策金融公庫の「スマート農業技術活用促進資金」や、中小企業省力化投資補助金のカタログ製品（対象カテゴリは公式サイトで要確認）もあわせて検討するとよいでしょう。

農業経営基盤強化資金（スーパーL資金）

農業経営基盤強化資金（通称：スーパーL資金）は、日本政策金融公庫（農林水産事業）が融資する農業専用の制度資金です。補助金とは異なり「融資（返済義務あり）」ですが、認定農業者向けに固定金利で長期の資金を融資する制度で、農地取得・農業機械・施設整備など大型投資に適しています。

スーパーL資金の概要

融資限度額は制度・時期により異なるため、日本政策金融公庫の公式サイトまたは最寄りの支店（農林水産事業）でご確認ください。このほか、認定新規就農者向けの「青年等就農資金」（17年以内・据置5年以内）、輸出に取り組む場合の「農林水産物・食品輸出基盤強化資金」、スマート農業技術活用促進法に関連する「スマート農業技術活用促進資金」なども用意されています。

認定農業者の資格取得には、各市区町村への「農業経営改善計画」の申請と認定が必要です。5年後の農業経営目標を記載した計画を提出することで認定されます。計画作成は農業委員会・農業共済組合・JA等が相談に対応しています。

食品加工業向け補助金（ものづくり補助金等）

食品加工業は農林水産省の補助金だけでなく、経済産業省・中小企業庁が所管するものづくり補助金・IT導入補助金・持続化補助金も活用できます。特にものづくり補助金は、食品製造の設備投資・新商品開発・生産ライン自動化で採択実績が多い制度です。

ものづくり補助金（食品加工業での活用）

食品加工業では、生産効率向上・新商品開発・品質管理強化を目的とした設備投資でものづくり補助金が広く活用されています。現行の申請枠は「製品・サービス高付加価値化枠」（750万〜2,500万円・中小1/2、小規模2/3）と「グローバル枠」（3,000万円）の2枠です。特に以下のような取り組みで活用されています。

• 真空パック機・充填機・包装機などの自動化設備の導入
• HACCP対応の品質管理システム・検査機器の整備
• チルド・冷凍対応の生産ラインの新設・増設
• 農産品の一次加工（カット・乾燥・フリーズドライ）機械の導入

小規模事業者持続化補助金（農業・食品加工業）

常時使用する従業員が5人以下（商業・サービス業〔宿泊業・娯楽業除く〕）・20人以下（製造業その他）の小規模事業者が対象の補助金です。現行（第18回）の補助上限は50万円（インボイス特例で+50万円）・補助率2/3です。地産地消レストランの開業・農産品のネット通販開始など、販路開拓・生産性向上の取り組みに活用できます。

農業者の対象範囲には注意が必要です。公募要領上、「系統出荷による収入のみである個人農業者」（個人の林業・水産業者も同様）や農事組合法人は補助対象になりません。ただし、個人農業者であっても農作物の加工や農作物を用いた料理の提供等を行う事業については、その加工・提供に必要な経費は補助対象となります（農作物の生産自体に必要な経費は対象外）。法人化して食品加工・直売等を行っている場合は、通常の中小企業・小規模事業者として申請できます。

地域資源活用価値創出対策（旧6次産業化支援）

6次産業化とは、農林漁業者が生産（1次産業）だけでなく、加工（2次産業）・流通・販売（3次産業）まで一体的に手がけることで付加価値を高める取り組みです。かつての「6次産業化ネットワーク活動交付金」は、令和4年度から「農山漁村発イノベーション対策」に発展し、現行では農山漁村振興交付金のうち「地域資源活用価値創出対策（旧農山漁村発イノベーション対策）」として実施されています。

地域資源活用価値創出対策の概要

6次産業化をさらに発展させ、農林水産物だけでなく地域の文化・歴史・森林・景観など多様な地域資源も活用し、農林漁業者はもちろん地元の企業なども含めた多様な主体の参画によって付加価値を創出していく取り組みを支援します。主な支援内容は次のとおりです。

• 地域資源を活用した新商品・サービスの開発、これらに係る研究開発（創出支援型）
• 6次産業化等に取り組む場合に必要な農林水産物の加工・販売施設等の整備（産業支援型）

個別の補助上限額・補助率は公募回・対策のタイプにより異なるため、農林水産省の公式ページ・公募要領で最新情報を確認してください。

6次産業化の一般的な取り組み例

• 米農家が酒蔵と連携して地域ブランド日本酒を開発・販売
• 野菜農家が農産物加工場を設置し、カット野菜・惣菜の製造・通販開始
• 畜産農家が精肉加工場を設け、ブランド牛の直販・飲食店開業
• 果樹農家がジャム・ジュース製造機を導入し、観光農園＋直売所を開設
• 漁業者が鮮魚加工施設を整備し、ふるさと納税・EC向け冷凍水産品を販売

輸出支援（JFOODO・JETRO・農林水産省）

政府は農林水産物・食品の輸出拡大を政策の柱に掲げており、農業者・食品加工業者の海外展開を後押しする施策が農林水産省・JETRO等によって展開されています。輸出施策は農林水産省の輸出・国際局が所管しており、輸出支援の公募情報等が随時公開されています。

JFOODO（日本食品海外プロモーションセンター）

JFOODOは、日本産の農林水産物・食品のブランディングのために2017年4月1日にJETRO（日本貿易振興機構）内に創設された組織で、オールジャパンでの海外消費者向けプロモーションを担う機関です。補助金を交付する機関ではありません。水産物・日本茶・日本酒・焼酎泡盛・青果物・日本和牛・コメなど品目別のプロモーションを実施しており、事業者向けの参加者募集も行っています。参加を希望する場合は公式サイトで最新の募集情報を確認してください。

JETROの輸出・海外展開支援

JETROは輸出・海外展開に取り組む事業者向けに、市場情報の提供・専門家によるアドバイス・海外バイヤーとのマッチング支援など幅広いサービスを提供しています。具体的な支援メニュー・費用負担の有無は事業・時期により異なるため、JETROの公式サイトまたは地域事務所で最新情報を確認してください。

融資による輸出支援

日本政策金融公庫（農林水産事業）には、輸出に取り組む農林漁業者・食品等事業者向けの「農林水産物・食品輸出基盤強化資金」（返済期間25年以内・据置3年以内）が用意されています。輸出向けの生産・加工体制の整備等に活用できる制度資金です。

輸出先国の食品安全規制（HACCPや有機認証等、国により基準が異なります）への対応や、輸出向けパッケージ・ラベルの多言語対応も準備段階で必要になります。個別の補助制度は年度・対象国により変わるため、農林水産省の輸出・国際局の公式ページで最新の公募情報を確認することをお勧めします。

農業・食品加工業の雇用関連助成金

農業法人・食品加工会社は、厚生労働省所管の雇用関連助成金も積極的に活用できます。農業分野は季節雇用・非正規雇用が多い業種ですが、要件を満たせば確実に受給できる助成金を活用して、人材確保・定着に役立てましょう。

農業法人における雇用関連助成金の活用

農業雇用特有の注意事項

農業法人が雇用関連助成金を申請する際の重要な注意点として、雇用保険への加入要件があります。個人経営の農業で常時使用する労働者が5人未満の場合は雇用保険の暫定任意適用事業となる場合がありますが、法人形態であれば強制適用となります。助成金申請の多くは雇用保険への加入が前提条件ですので、まず雇用保険の加入状況を確認しましょう。

申請前に確認すべきポイント

農業・食品加工業が補助金を申請する際に特に注意すべきポイントをまとめました。農業分野には農林水産省特有のルールがあるため、申請前の確認が特に重要です。

よくある申請失敗パターン（農業・食品加工業編）

• 交付決定前に設備の発注・支払いを行ってしまう（最多NG）
• 農地転用許可が間に合わず、補助期間内に施設完成できない
• 個人農家がGビズIDを持っておらず、公募期間内に取得が間に合わない
• 食品加工業として「革新性」を示せず、ものづくり補助金で不採択になる
• 6次産業化補助金で「農林漁業者が主体」の要件を満たしていない

補助金活用の流れ（ステップ）

1. 経営課題の整理と補助金の選定 「省力化」にはスマート農業技術活用促進法関連の支援・省力化投資補助金、「加工施設整備」には地域資源活用価値創出対策・ものづくり補助金、「販路拡大・ネット通販」には持続化補助金、「輸出展開」には輸出・国際局の施策やJETRO、という形で課題に合わせて最適な制度を選びます。
2. 認定農業者・法人化の確認 農林水産省の補助金はほとんどが「認定農業者」であることを前提とします。まだ認定を受けていない場合は、市区町村農業委員会に相談して経営改善計画の作成・認定手続きを進めましょう。
3. GビズIDプライムの取得（中小企業向け補助金申請時） ものづくり補助金・持続化補助金・IT導入補助金を申請する場合はGビズIDプライムが必要です。農業法人・食品加工会社は法人の登記事項証明書を準備して取得手続きを進めてください。
4. 見積もり・事業計画書の作成 導入を検討している農業機械・加工設備・ITシステムの見積もりを取り、補助対象経費を確認します。農業向け補助金では「農業経営改善計画との整合性」、中小企業向け補助金では「革新性・生産性向上効果」を事業計画書に明記することが採択のポイントです。
5. 支援機関への相談・申請書類の準備 JA・農業共済組合・農業振興事務所・中小企業診断士・商工会議所など、農業・食品分野に知見を持つ支援機関に相談することをお勧めします。農業法人向けの補助金は農政事務所・都道府県農業担当課が相談窓口です。
6. 公募期間中に申請 農林水産省の交付金・補助金は各事業の実施要領・公募要領に従い都道府県・市区町村経由または直接申請します。中小企業庁系の補助金は各補助金の専用ポータルから申請します。申請方法は制度により異なるため、事前に公式サイトで確認しましょう。
7. 採択・交付決定後に事業実施 交付決定通知が届くまで、設備の発注・支払いは行わないでください。農業機械・加工施設の納期は長いことが多いため、交付決定後すぐに発注できるよう事前に業者と調整しておくことが重要です。

よくある質問（FAQ）

※本記事の情報は2026年7月時点のものです。補助金の内容・要件は変更される場合があります。申請前に必ず公式ポータルの最新情報をご確認ください。